Αρκετοί είχαν την άποψη ότι ο Ιωάννης δεν πέθανε, αλλά μετατέθηκε στην άλλη ζωή, όπως ο Ενώχ και ο Ηλίας. Αφορμή γι΄αυτή την άποψη έδωσε το γνωστό ευαγγελικό χωρίο, Ιωάννου κα΄ 22. Όμως, ο αμέσως επόμενος στίχος κα΄ 23 διευκρινίζει τα πράγματα. Η παράδοση που ασπάσθηκε η Εκκλησία μας είναι η εξής: Ο Ιωάννης σε βαθειά γεράματα πέθανε στην Έφεσο και τάφηκε έξω απ΄αυτή. Αλλά μετά από μερικές ημέρες, όταν οι μαθητές του επισκέφθηκαν τον τάφο, βρήκαν αυτόν κενό. Η Εκκλισία μας, λοιπόν, δέχεται ότι στον αγαπημένο μαθητή του Κυρίου συνέβη ό,τι και με την Παναγία μητέρα Του. Δηλαδή, ο Ιωάννης ναι μεν πέθανε και ετάφη, αλλά μετά τρείς ημέρες αναστήθηκε και μετέστη στην αιώνια ζωή, για την οποία ο ίδιος, να τι λέει σχετικά: "Ο έχων τον υιόν έχει την ζωήν ο μη έχων τον υιόν του Θεού την ζωήν ουκ έχει". Εκείνος, δηλαδή, που είναι ενωμένος μέσω της πίστης με το Χριστό και τον έχει δικό του, έχει την αληθινή και αιώνια ζωή. Εκείνος, όμως, που δεν έχει τον Υιό του Θεού, να έχει υπ΄όψιν του πως δεν έχει και την αληθινή και αιώνια ζωή.